返回艾尔达星后，林凯以为一切结束了。
但宇宙的平衡并非一蹴而就。
遗跡的能量波虽消灭了暗影母体，却在银河系各处引发了异常现象：行星轨道偏移、恆星脉动不稳，甚至一些人出现了预知梦境。
林凯在星港的控制室里，盯着萤幕上的报告，心知这是遗跡的“馀波”——古文明的能量在调整宇宙的结构。
艾拉走进来，手里端着一杯热饮。「凯，你又没睡。联邦政府发来讯息，他们想见你。」
「他们想利用遗跡的知识。」林凯叹气。
联邦是核心星域的统治者，战争后他们急需技术来重建。他不信任他们，尤其是听说维克的残党仍在活动。
莉亚从门外进来，她已成为艾尔达的防卫长官。
「我刚从边境回来，有报告说扎克的讯号从遗跡传出。他还活着？」
林凯一惊。扎克自愿牺牲，守护遗跡，但现在的讯号显示他被困在多维空间。
团队决定救援。他们重新啟动猎鹰号，这次带上新装备：从遗跡取回的空间稳定器。
途中，他们遭遇联邦巡逻舰。舰长通讯：「林凯，你涉嫌盗取古科技。立即投降。」
林凯巧妙回避，进入星云隐藏。但在过程中，艾拉发现自己怀孕了。这消息让林凯既喜且忧，他发誓要为未来而战。
抵达遗跡时，浮空城市已变形，暗影的残馀能量扭曲了结构。
扎克被困在能量泡中，意识模糊。他喃喃：「暗影没死……它进化了。」
救援成功，但扎克带来坏消息：暗影母体分裂成无数碎片，散布宇宙，寻找新宿主。林凯意识到，终焉之地的战斗只是开始。