常用自然法来合理化基督教的中世纪神学继承奥古斯丁的传统，将性犯罪按是否出于生殖目的分为自然罪与非自然罪，强奸、乱伦和通奸被认为是非法但自然的罪行，而自慰和同性恋被视作既非法又不自然的罪恶。中世纪着名神学家托马斯·阿奎那在其代表作《神学大全》认为自慰无异于杀人，一方面其不通过肉体结合就获得肉体快乐，另一方面其破坏了本应供给生殖的精液，其观点后来成为了文艺复兴时期批判自慰的道德论据。出于这样的权威观点，中世纪社会形成了普遍认识，即自慰会将人带向永恒的地狱，是一种致命的罪恶。
比起其他性罪恶，自慰虽然在道德上的定性较为严厉，但相较“性质与其相似”的同性恋，教会与世俗司法机构自始至终都对压制自慰缺乏热情。
于自慰的规约。针对自慰的抵触除吸纳犹太教传统外，也可能起源于早期基督教受到的各种近东哲学的影响，如罗马的斯多葛主义，希腊的新柏拉图主义，中东的诺斯替主义，波斯的琐罗亚斯德教等，作为早期基督教一支的摩尼教可能也属此列。这些哲学传统都秉持二元信仰，将物质与精神、身体与灵魂、善与恶、男性与女性、生育与性快感对立起来，并以某些对禁欲主义的提倡谴责了与生育分离并对立起来的性快感。自慰作为一种寻求性快感而非生育的行为自然也受到谴责。圣经文本中的一些段落也被用于谴责自慰，如《利未记》15:16，《申命记》23:9－11.《罗马书》1:24.《哥林多前书》6:10等。
尽管历史文献及神学着作中，可见大量对自慰的谴责与定罪，但我们很难了解到基督教时期的人们是否对自慰这项罪恶加以驱除。鲜有人提到日常生活中如何避免自慰这项罪恶，更少有神职人员论及自己在这方面的所作所为。
神学权威的观点：诸多着名的神学家都将自慰乃至性欲本身视作一种罪恶。早期教会最具统治力的神学家，希波的圣奥古斯丁（Augustine of Hippo）便在着作中对自慰大加批驳。奥古斯丁皈依基督教前曾纵情肉欲，故在神学上强烈反对性行为，其在着作《忏悔录》中写到，“情欲起源于内心的情感，情感如毫无节制，便陷于邪僻”，显然，生活于公元4～5世纪北非的奥古斯丁也受到了诺斯替主义及新柏拉图学派的影响。
性与魔鬼信仰的联系：中世纪教会对家庭价值观的严格控制，往往代表信徒对性欲及性行为的过度恐惧，其通常源于对神罚的恐惧。性被作为一种魔鬼的工作，逐渐与异教、异端牢牢联系起来。大多数中世纪的异教徒通常都被指控犯有性罪，包括但不限于自慰、同性恋、通奸等。文艺复兴时期，宗教裁判运动兴起，在其最兴盛的地区如德意志南部、阿尔卑斯山区、比利牛斯山区，数十万人被拷打以承认和魔鬼的性接触，包括自慰。复兴的古典人文主义也认为魔鬼附身于男性和女性，导致其自慰。宗教改革运动后，虽然西方的教会和信仰产生了巨大分裂，但无论是新教还是天主教都强烈反对自慰等非生殖性行为。16世纪开始的梅毒大流行可能加强了对自慰的恐惧，尽管在诸多民间偏方中自慰都被作为一种预防或治疗性病的普遍做法。
对压制自慰的质疑也屡见出现，如17世纪的着名西多会神学家卡拉慕夷（Caremuel）在其着作《
归根结底，18世纪以前，对自慰的谴责只停留在道德层面，并无人提出自慰对身体的损害，医学界甚至援引盖伦学说的传统，认为自慰能够排出有害的体液，对身体有益无害，自慰也因此被作为早期的性病疗法。
奥古斯丁认为性欲是来自动物本能的欲望，性交是动物性欲的结果，夫妻性交的唯一理由是生殖，其认为自慰的罪恶更甚卖淫嫖娼，后者是一种“自然的罪恶”而前者是“非自然的”。奥古斯丁对性的观点深刻影响了后世对性的态度，这种扭曲的观点被大量中世纪的教规、法典引用，其影响甚至持续到现代，最晚直到1962年的梵蒂冈第二次大公会议。
道德神学的观点：对自慰的道德神学批判包括几个方面，最经典的观点是道德神学家对于精液作用的解释，即人来自于精液，精液是人的种子，保护种子应当成为一种任务。在男性自慰行为中，人类的种子被杀死了，故男性自慰被上升到与堕胎同等罪恶。另一种道德神学批判认为自慰者在自慰时必然有某些想法，而这种想法可能加重自慰的罪恶，若遐想的目标已婚，则犯有通奸罪；若遐想的目标仍处童贞，则犯有荒淫罪；若遐想的目标是亲戚，则犯有乱伦罪；若是神职人员则犯了亵渎罪。
自慰的普遍性：在中世纪，教会将自慰视为一种较其他罪更严重的恐怖，或许是因为自慰本身非常普遍，不仅广泛存在于普通人，神职人员也不能免俗。对于神职人员而言，自慰显然是其遵守宗教道德的重要问题。历代教宗曾多次谴责自慰行为，包括1054年的利奥九世、1666年的亚历山大七世及1679年的英诺森十一世。由此，中世纪天主教对自慰的惩罚也相当严重，成年人自慰通常需要在感化院中忏悔一年，而神职人员的忏悔时间通常更久。